C'est par une rencontre décisive avec Fernand et Jean Oury (l'un est instituteur, disciple de Célestin Freinet, l'autre est psychiatre) que Pierre-Félix Guattari, jeune étudiant en pharmacie, s'orienta très tôt vers la psychiatrie, en y associant une réflexion sur la pédagogie institutionnelle. En 1955, il travailla à la clinique psychiatrique de La Borde ; il créa, dix ans plus tard, la Société de psychothérapie institutionnelle et fut le fondateur du Centre d'études, de recherches et de formation institutionnelles (CERFI) qui œuvra, de 1965 à 1987, au renouvellement des sciences sociales et dont la revue Recherches publia une dizaine de numéros spéciaux sur le travail, l'école, la toxicomanie, le féminisme, l'homosexualité... En collaboration avec le philosophe Gilles Deleuze, dont il fit la connaissance en 1968, Félix Guattari réalisa une œuvre théorique importante (L'Anti-Œdipe, 1972 ; Mille Plateaux, 1980 ; Qu'est-ce que la philosophie ?, 1991) et fonda, en 1987, la revue Chimères. Il est également l'auteur d'ouvrages tels que L'Inconscient machinique (1979) ou Les Trois Écologies (1989).

Les archives comprennent la plupart des manuscrits des textes publiés par Félix Guattari de son vivant, ainsi que des conférences et des entretiens qu'il a donnés. Des textes littéraires ou autobiographiques, des séquences de son journal tenu dans les années 1970 et quelques scénarios de films permettent d'avoir une vue d'ensemble de la production guattarienne. On trouve également des ensembles très importants de notes préparatoires et de notes de lecture, complétés par les dossiers documentaires constitués au fil des années et des engagements. Le fonds contient aussi une importante correspondance avec notamment Fernand Deligny, Gilles Deleuze, Jacques Lacan et Toni Negri.